2041 год. В результате масштабного прогресса в области кибернетики граждане получили возможность заменять собственные конечности на роботизированные аналоги. Подполковник Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го управления службы безопасности, занимается расследованием дела, связанного с загадочным хакером, известным под псевдонимом Кукловод.
В ходе оперативной работы выясняется, что преступник обладает продвинутыми навыками взлома нейронных интерфейсов. Инциденты с его участием демонстрируют системный характер атак на кибернетические импланты, что вызывает серьёзную озабоченность в правоохранительных органах.